مهندس بازرگان یکی از افرادی است که آوردههای او مورد انتقاد آیتالله مطهری قرار گرفت. استاد به رغم دوستی و صمیمیت دیرپا با بازرگان، در پاورقیهای جلد پنجم کتاب اصول فلسفه و روش رئالیسم، شیوه تجربی و حس گرایانه وی در تحلیل مقولات دینی را مورد تخطئه قرار داد. مطهری علم زدگان معاصر را حنبلیان جدید مینامید و معتقد بود آنها بر خلاف ادعایی که دارند، همان شعار «این است و جز این نیست» را فریاد میزنند!