در روز ۱۲ بهمن، محمد به عنوان فرمانده گروه، لباس روحانیت پوشید. اسلحه را زیر عبایش پنهان کرد و وارد فرودگاه شد. بعد از ورود امام مسئولیت حفاظت ایشان را در مدرسه علوی به عهده داشت و لحظهای از این امر مهم غفلت نکرد. از ابتدای تشکیل سپاه، به عنوان یکی از معاونان پادگان ولیعصر (عج) در قسمت عملیات مشغول به کار شد.